La roya del tallo (Puccinia graminis) es un hongo que produce una enfermedad que afecta a diversos cereales. En trigo fue muy importante durante la primera mitad del siglo 20; la última epifitia se produjo en el país en el año 1950, con pérdidas cercanas al millón de toneladas. En el noreste santafesino, en los últimos 14 años, se la observó esporádicamente en algunas variedades, especialmente en años húmedos, en siembras tardías, finalizando el ciclo del cultivo.
El patógeno sólo sobrevive y se reproduce sobre plantas vivas de las especies que parasita (biotrófico). Las condiciones climáticas óptimas para su desarrollo son: temperatura promedio de 25°C y humedad libre sobre el follaje. Debido a que requiere temperaturas altas, se observan síntomas relativamente tarde en el desarrollo del cultivo, pero a pesar de esto la enfermedad puede progresar rápidamente y causar pérdidas muy altas. El patógeno se disemina por esporas transportadas por el aire, pudiendo trasladarse a grandes distancias.
La roya del tallo fue considerada la enfermedad más destructiva de trigo en el país y en la región. Si bien causaba epidemias más esporádicas que la roya de la hoja, los daños provocados eran muy elevados cuando ocurrían epidemias severas, pudiendo llegar a pérdidas totales del cultivo. Esta enfermedad no ha causado epidemias importantes por más de dos décadas, debido al uso generalizado de cultivares cuya resistencia se ha mantenido efectiva hasta el presente. Por tratarse de un patógeno biotrófico, la situación futura de la enfermedad dependerá, en gran medida, del área sembrada con cultivares susceptibles en el país y a nivel regional.
Durante los últimos años se han liberado algunos cultivares susceptibles o moderadamente susceptibles en el Cono Sur, incluyendo algunos de origen europeo, que ocuparon aproximadamente el 20% del área total del cultivo durante el año 2004. Si el área ocupada por estos cultivares incrementara, también incrementará la probabilidad de que ocurran infecciones de mayor severidad sobre los mismos.
El control de la roya del tallo basado en el uso de cultivares resistentes no es permanente, dado que el patógeno tiene la capacidad de generar nuevas razas virulentas sobre cultivares inicialmente resistentes. La aparición de nuevas razas virulentas incrementa el área ocupada por cultivares susceptibles y la probabilidad de ocurrencia de epidemias de la enfermedad. Las epidemias ocurridas durante la décadas del 50 y 70 fueron muy severas y generalizadas en la región y coincidieron con la aparición de nuevas razas virulentas sobre la mayoría de los cultivares que se utilizaban comercialmente en Argentina, Brasil y Uruguay.